了胜利，万历皇帝册立长子朱常洛为太子，国本之争告一段落，朱常洛也成为最后的赢家。而失败者朱常洵只能接受就藩洛阳的结果。
但一个国家的主人怠政长达三十年，可想而知，如此做法造成的后果和影响是多么恶劣，万历皇帝对明朝灭亡有着不可推卸的责任。
努尔哈赤还未叛明之前，朝廷六部，吏、户、工、兵、刑、礼居然只有吏部赵焕一个尚书，户、礼、工部各只剩下一个侍郎。尤其是刑部，因为少了审案子的官员，许多案子积压，许多犯人超期关押，无人理会。
内阁只剩下首辅叶向高，即使如此，叶向高开始还是尽心工作。但是，万历的做法给了他当头一棒。所有呈上去待批的奏折都是有去无回，无论什么请示、报告都没有回音。一气之下，叶向高干脆在家称病不出达三个月，整个明朝的内阁就停止运作了。
可以想象，一个国家的中枢都停止运作，这个国家会变成什么样子。好在努尔哈赤叛明，惊醒了万历帝，天下是姓朱的啊！他不能这么下去了，再这样下去，大明江山要亡在他手中，于是这才开始处理积压的公务，任命空缺的官员，总算让大明朝走上了正轨。可这个时候，失败的种子已经埋下。